A emissão de Nota Eletrônica permite o registro dos dados referentes aos Tributos Federais?

Sim. No sistema FISS-LEX há um campo destinado ao registro de impostos e contribuições federais. Mas vale lembrar, que a base de cálculo do ISS é o valor do serviço, que inclui os impostos e contribuições federais. Dessa forma, tais impostos e contribuições não podem ser considerados como redução da base de cálculo do ISS.