Emiti uma NFS-e para um tomador de serviço de outro município, a NFS-e não gerou ISS. Está certo isso?

Verifique se no rodapé da NFS-e está escrito: "ENQUADRAMENTO: FORA DO MUNICÍPIO (RESPONSABILIDADE DO TOMADOR DE SERVIÇOS)". Caso esteja, o sistema está correto em não gerar ISS referente a essa NFS-e. Pois o sistema FISS-LEX possui a funcionalidade de enquadramento automático conforme a lei do Município.
Provavelmente o serviço que você prestou no outro município refere-se uma sigla da LC 116/2003 que consta na relação que o seu município definiu que deverá ser recolhido no município onde o serviço for prestado.
Nesse caso, certifique-se de que o Tomador do seu serviço lhe pagará o valor líquido da NFS-e e que repassará o valor do ISS ao município onde o serviço foi prestado.